A origem de Linhares, povoação de traça tipicamente medieval, com as suas ruas estreitas e de perfil sinuoso, é difícil de conhecer. Segundo Carvalho da Costa em " Corografia Portuguesa e Discripçam Topográfica do Reyno de Portugal, Lisboa, 1708", teria sido fundada pelos Túrdulos, 580 anos antes de Cristo, chamando-se Lenio ou Leniobriga, o que daria, mais tarde, Linhares. Durante a época visigótica teria sido uma cidade sede de episcopado; no entanto nenhum documento foi encontrado a comprovar tal facto.
Tudo leva a crer ter sido ocupada desde épocas muito recuadas. Os documentos referem-se-lhe como sendo muito antiga - «he esta villa de Linhares uma das antigas povoações deste reino pela sua fundaçam que foi muitos annos antes da vinda de Cristo » ( in Dicionário Geográfico, vol. 20 ).
É natural, pela sua localização, que o povoamento desta região se tenha efectuado muito antes do séc. XII. Sabe-se que muitas povoações pelas condições da sua situação e natureza montanhosa devem ter começado por castros. Os Romanos, após a conquista da Península, conhecendo o grande valor militar de muitos desses povoados transformaram-nos em acampamentos militares e, uma vez consolidada a paz, em centros políticos e administrativos. Linhares, pela sua situação em sítio alto e agreste e pela topografia prestava-se naturalmente à defesa do sistema castrejo. Duma maneira ou doutra contribui para que aí se desenvolvessem focos populacionais. A toponímia dá-nos também indicações, embora não muito abundantes,do povoamento antigo. Sobretudo topónimos de sentido agrário, provam que a aldeia teria sido povoada antes da nacionalidade e que a população se dedicava principalmente à agricultura.
O modelo urbanístico de Linhares hoje consolidado no seu núcleo histórico, tem origem com a Reconquista Cristã. Em virtude das lutas constantes entre Cristãos e Mouros, assiste-se à desolação e pilhagem dos campos, o que leva os camponeses a abandoná-los. A povoação devia estar quase deserta quando passou para os Cristãos no reinado de D. Afonso Henriques. Este rei diligenciou o seu repovoamento. Mais tarde dar-lhe-ia foral, documento destinado a fixar, por escrito, foros, usos e costumes, bem como os limites do concelho.A estrutura de ocupação do espaço de Linhares conjuga um modelo característico de povoamento medieval ( sécs.XII - XIV ), com desenvolvimentos significativos no séc. XVI. É nesta altura que Linhares deve ter atingido uma configuração próxima da actual no seu núcleo histórico.Foi o castelo o núcleo gerador do aglomerado. Na encosta a Sul do castelo, cruzada pela via romana antiga, estendeu-se a povoação.
Muitas vezes os factos históricos e lendários confundem-se, e se estes por vezes ajudam a compreender aqueles, outros há em que a fantasia os deforma.Existem lendas referentes à presença de muçulmanos na povoação. Uma delas atribui aos habitantes de Linhares a vitória e expulsão do chefe mouro Zurar do castelo e respectiva povoação - Azurara - próximo de Mangualde.Outra refere-se aos princípios da monarquia no reinado de D. Sancho I em 1198. Conta a lenda que um exército de Leão entrou na Beira e depois de se ter apoderado de alguns castelos, preparava-se para tomar o de Celorico. O alcaide deste, D. Gonçalo Mendo, auxiliado pelo irmão, D. Rodrigo Mendo, alcaide do castelo de Linhares, desbarataram o exército leonês obrigando-o a retirar-se. O combate teria ocorrido numa noite de lua nova, cuja luz, juntamente com a das estrelas, iluminou os combatentes. Este acontecimento foi perpetuado nas armas de Linhares tomando por divisa, além do castelo, um crescente e cinco estrelas.
Linhares foi Comarca durante muitos anos tendo sob a sua jurisdição vários Concelhos ( em 1811 eram seis ). Em 1820 chegou a eleger um deputado para as cortes.O Concelho de Linhares foi extinto em 1855 por decreto de 24 de Outubro.Actualmente é uma freguesia constituída pelos lugares de Linhares ( sede da Junta de Freguesia ), Assanhas, Quintãs de Baixo , Quintãs de Cima e Ribeira.
Linhares atingiu um período de apogeu no reinado de D. Manuel I, como testemunham as janelas manuelinas e o pelourinho encimado pela esfera armilar e cruz de Cristo. Para além deste período, a que se seguiram outros de guerra e destruição, a vida das gentes simples desta aldeia continuou igual a si mesma durante séculos. Os costumes, tradições e crenças transmitidos por herança de geração em geração mantiveram-se. As gerações mais novas continuaram durante muito tempo a seguir os caminhos difíceis dos seus pais, a cultivar as terras e a reunir-se nas feiras e festas religiosas, cujos lugares e datas não mudaram desde há séculos. Mas com a persistência dos costumes, das tradições e das crenças concorrem modificações que afectam esta região. Os seus habitantes começaram a mudar. Precisaram de encontrar soluções para os seus problemas afectados pelas novas estruturas sociais e económicas. O elemento urbano foi penetrando na cultura desta comunidade predominantemente rural até há pouco tempo. Começa o êxodo para as cidades e a emigração, primeiro para o Brasil e depois, com maior intensidade, para os Estados Unidos, França, Alemanha e outros países europeus. Os emigrantes sofrem a influência de novas ideias e costumes e uma vez regressados à aldeia que os viu nascer vêm mais ricos e prontos a alterações. As vias de acesso são alcatroadas, as ruas são calcetadas, novas habitações são construídas , algumas mais antigas são recuperadas, chegam a energia eléctrica, os telefones,os telemóveis, a água canalizada, o saneamento básico com a ETAR respectiva, a TV por cabo e os computadores. O automóvel substitui o burro e o cavalo, o tractor substitui os bois e respectivos carros. A vida mudou e para melhor.